* Η Χημεία ως ξεχωριστό μάθημα άρχισε να διδάσκεται στη σύγχρoνη Ελλάδα το 1837, αμέσως μετά την ίδρυση του Πανεπιστημίου Αθηνών. Η διδασκαλία της Χημείας γινόταν παράλληλα με τη διδασκαλία της Φυσικής και των Μαθηματικών στα πλαίσια των μαθημάτων της Φιλοσοφικής Σχολής. Ο πρώτος που εδίδαξε Χημεία ήταν ο Βαυαρός φαρμακοποιός και Υφηγητής του Πανεπιστημίου Xavier Landerer, ο οποίος συνέγραψε και το πρώτο σχετικό σύγγραμμα. Ο Landerer οργάνωσε το πρώτο στοιχειώδες Εργαστήριο Χημείας στο υπόγειο του Κεντρικού Κτηρίου του Πανεπιστημίου, όπου εκτελούσε συναρπαστικά χημικά πειράματα για τους φοιτητές. Τα πειράματα αυτά παρακολουθούσαν και πολλοί άλλοι ενδιαφερόμενοι Αθηναίοι.
* Ιδρυτής της Χημείας, ως ξεχωριστού επιστημονικού κλάδου στην Ελλάδα, θεωρείται ο Αναστάσιος Χρηστομάνος, ο οποίος προσελήφθη ως Υφηγητής το 1863. Εδίδαξε Γενική Χημεία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών για σχεδόν 40 χρόνια (1866-1905). Ο Χρηστομάνος εφρόντισε και στη συνέχεια επέβλεψε την κατασκευή του κτηρίου του Χημείου στην οδό Σόλωνος (στο κέντρο της Αθήνας), σήμερα γνωστό ως “Παλαιό Χημείο”. Στο κτήριο αυτό εκτός από τα Εργαστήρια Χημείας, στεγάστηκαν και τα Εργαστήρια Φυσικής, Φαρμακευτικής και Βοτανολογίας. Ο Χρηστομάνος ως Πρύτανης του Πανεπιστημίου Αθηνών (1896) εισηγήθηκε και επέτυχε την ίδρυση της Φυσικομαθηματικής Σχολής με απόσπαση των Τμημάτων Φυσικής και Μαθηματικών από τη Φιλοσοφική Σχολή.
* Τον Χρηστομάνο διαδέχθηκε στα διδακτικά του καθήκοντα ο Κωνσταντίνος Ζέγγελης. Για ένα σύντομο χρονικό διάστημα ο Ζέγγελης ορίστηκε ως Καθηγητής στην ‘Εδρα της Φυσικοχημείας. Στη συνέχεια η ‘Εδρα της Φυσικοχημείας διασπάστηκε στην ‘Εδρα της Ανόργανης Χημείας, με πρώτο Καθηγητή τον ίδιο τον Ζέγγελη (1912-1938), και στην ‘Εδρα της Οργανικής Χημείας, με πρώτο Καθηγητή τον Γεώργιο Ματθαιόπουλο (1912-1939). Τον Ματθαιόπουλο διαδέχθηκε ο Λεωνίδας Ζέρβας (1939-1968), μία παγκοσμίως γνωστή αυθεντία σε θέματα πεπτιδικής σύνθεσης (σύνθεση Μπέργκμαν – Ζέρβα). Υπό τη διεύθυνση του Ζέρβα το Εργαστήριο Οργανικής Χημείας διακρίθηκε διεθνώς στο πεδίο της Χημείας των Πεπτιδίων.
* Το Τμήμα Χημείας ιδρύθηκε ως ανεξάρτητο Τμήμα το 1919 (μέχρι τότε τα μαθήματα Χημείας διδασκόντουσαν στα πλαίσια των προγραμμάτων άλλων Τμημάτων) και τότε δέχθηκε τους πρώτους φοιτητές, οι οποίοι με την αποφοίτησή τους θα αποκτούσαν το πτυχίο του Χημικού. Το Τμήμα περιελάμβανε αρχικά μόνο τις ‘Εδρες της Ανόργανης και της Οργανικής Χημείας, αλλά αμέσως επανιδρύθηκε η ‘Εδρα της Φυσικοχημείας με πρώτο Καθηγητή τον Δημήτριο Τσακαλώτο (1883-1919). Το 1922 το Τμήμα απέκτησε δύο επιπλέον έδρες: την ‘Εδρα της Ιστορίας των Φυσικών Επιστημών με Καθηγητή τον Μιχαήλ Στεφανίδη (η ‘Εδρα αυτή καταργήθηκε το 1936) και την ‘Εδρα της Χημείας Τροφίμων με Καθηγητή τον Σπύρο Γαλανό. Αργότερα, ιδρύθηκαν οι έδρες της Βιομηχανικής Χημείας και της Αναλυτικής Χημείας με πρώτους Καθηγητές τους Ιωάννη Ζαγανιάρη (1949) και Θεμιστοκλή Χατζηιωάννου (1966), αντίστοιχα.
* Από το 1982 καταργήθηκε νομοθετικά ο θεσμός της “Έδρας” στα Ελληνικά Πανεπιστήμια και αντικαταστάθηκε με το θεσμό του “Τομέα”. Το Τμήμα Χημείας διαιρέθηκε στους εξής τρεις Τομείς: Τομέας Ι (αποτελούμενο από τα Εργαστήρια Αναλυτικής Χημείας και Φυσικοχημείας), τον Τομέα ΙΙ (αποτελούμενο από τα Εργαστήρια Οργανικής Χημείας, Χημείας Τροφίμων, Βιομηχανικής Χημείας και Βιοχημείας) και τον Τομέα ΙΙΙ (αποτελούμενο από τα Εργαστήρια Ανόργανης Χημείας και Περιβαλλοντικής Χημείας).
* Το 1990 τα Εργαστήρια του Τμήματος Χημείας μεταφέρθηκαν από το κέντρο των Αθηνών στις νέες εγκαταστάσεις του Τμήματος, στο Κτήριο Θετικών Επιστημών στην Πανεπιστημιούπολη, στην Ανατολική – Νοτιοανατολική άκρη της Αθήνας, μεταξύ των Δήμων Ζωγράφου και Καισαριανής.
* Το Τμήμα Χημείας κάθε χρόνο δέχεται 160-180 νέους φοιτητές με το σύστημα των Πανελλαδικών Εξετάσεων, όπως επίσης και 30-40 πτυχιούχους (Χημικούς, Χημικούς-Μηχανικούς, Βιολόγους, Γεωλόγους, Γεωπόνους) για μεταπτυχιακές σπουδές και ερευνητική εργασία, που οδηγούν σε Διπλώματα Ειδικεύσεων και σε Διδακτορικό Δίπλωμα Χημείας.
(Περισσότερα για τους πρώτους Καθηγητές της Φυσικομαθηματικής Σχολής, μπορούν να αναζητηθούν: στην εργασία του Μιχαήλ Στεφανίδου “Εκατονταετηρίς 1837-1937: Ιστορία της Φυσικομαθηματικής Σχολής”)